五名被古代忍者灵魂选中的高中生，在导师“阿尔法”的指挥下，驾驶巨型机甲对抗来自异次元的邪恶巫师。
很久以前，忍者圣殿被邪恶的巫师“魔头”摧毁，五位忍者大师的灵魂被封存在五枚“忍者币”中。现代，五个叛逆的高中生——队长红鹰、打手蓝鲨、妹子黄蜂、书呆子黑豹和胖子白熊——在修学旅行中误入遗迹，意外激活了忍者币。他们被传送到太空要塞“司令基地”，遇到了机器人阿尔法和失踪多年的导师“那个老人”。魔头带领“怪物军团”入侵地球，五位高中生必须变身成为“忍者司令”，用刀剑和忍术战斗。当巨型怪物出现时，五人合体召唤“忍者超级战车”，用“司令剑气”斩杀敌人。为了保护城市，他们还要上学、考试、写作业。
90年代特摄神作，美版《恐龙战队》的忍者版本，虽然特效现在看五毛都嫌多，但那种“放学后拯救世界”的中二感是无可替代的。变形合体镜头百看不厌，片头曲至今能哼出来。
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